Ключевыми субъектами власти в городе являются:
- Вологодская городская Дума — представительный орган. Состоит из 30 депутатов, избираемых на основе всеобщего, равного и прямого избирательного права, соответственно по 30 одномандатным округам. Срок полномочий городской думы — 5 лет. Вологодской городской Думе подконтрольны и подотчётны все выборные должностные лица (включая Главу города Вологды), администрация города и контрольно-счётная палата. Руководство деятельностью городской думы осуществляют её Председатель и Президиум (в составе Председателя, заместителей Председателя, руководителей фракций и постоянных комитетов, и представителя Главы города Вологды). Единственной фракцией в Вологодской городской Думе является фракция «Единая Россия» (26 человек).
- Глава города Вологды — высшее должностное лицо города. Возглавляет Администрацию города Вологды и руководит ею на принципах единоначалия. Избирается на 5 лет всеобщим, прямым и равным голосованием на территории городского округа Вологды. Не реже одного раза в год отчитывается перед Вологодской городской Думой. С ноября 2008 года Главой города Вологды является Евгений Шулепов («Единая Россия»)
- Администрация города Вологды — исполнительно-распорядительный орган. Состоит из 7 департаментов (непосредственно осуществляют управление), 5 управлений и 2 отделов (обеспечивают работу администрации). Руководитель администрации — Глава города Вологды. Заместителями главы города являются начальники департаментов.
- Контрольно-счётная палата города Вологды — контрольный орган. Формируется Вологодской городской Думой и отчитывается перед ней. Контролирует исполнение бюджета и распоряжение имуществом в собственности города, проводит бюджетные экспертизы муниципально-правовых актов, осуществляет аудит эффективности использования бюджетных средств.
Поскольку Вологда является областным центром, на её территории также расположены государственные органы власти Вологодской области: Правительство Вологодской области, Законодательное Собрание Вологодской области, Вологодский областной суд, Избирательная комиссия Вологодской области и др. В городе также расположен Четырнадцатый арбитражный апелляционный суд, являющийся апелляционной инстанцией для арбитражных судов Архангельской, Вологодской, Новгородской, Псковской и Тверской области.
В Вологде также представлены городские и региональные отделения политических партий «Единая Россия», КПРФ, «Справедливая Россия», ЛДПР, «Правое дело», «Патриоты России» и «Яблоко».
